| 7. Ronde | 13.09.2008 | FC Wil 1900 | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 | ||||
| 8. Ronde | 27.09.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Concordia Basel | 0:0 | ||||
| 9. Ronde | 04.10.2008 | FC St. Gallen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 10. Ronde | 25.10.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Thun | 0:2 |  |
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| 11. Ronde | 01.11.2008 | FC Lausanne-Sport | - | FC Stade Nyonnais | 1:0 | |
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| 13. Ronde | 16.11.2008 | FC Winterthur | - | FC Stade Nyonnais | 1:2 | ||||
| 14. Ronde | 29.11.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Schaffhausen | 3:1 | ||||
| 17. Ronde | 27.02.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Locarno | 1:0 | ||||
| 18. Ronde | 07.03.2009 | Servette FC | - | FC Stade Nyonnais | 0:0 | ||||
| 20. Ronde | 20.03.2009 | FC Gossau | - | FC Stade Nyonnais | 2:3 | |
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| 16. Ronde | 29.03.2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Stade Nyonnais | 4:2 | |
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| 22. Ronde | 11.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Stade Nyonnais | 2:1 | ||||
| 23. Ronde | 18.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC St. Gallen | 1:4 | ||||
| 25. Ronde | 26.04.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Lausanne-Sport | 0:2 | ||||
| 29. Ronde | 24.05.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Stade Nyonnais | 3:0 | ||||
| 30. Ronde | 30.05.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Wohlen | 1:3 | |
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