| 1. Ronde | 08.02.2009 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 2. Ronde | 15.02.2009 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 3. Ronde | 19.02.2009 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:0 |  |
|||
| 4. Ronde | 22.02.2009 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 5. Ronde | 01.03.2009 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 6. Ronde | 08.03.2009 | Deportivo Cali | - | Atlético Junior | 2:1 | |
|||
| 7. Ronde | 15.03.2009 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 0:2 | ||||
| 8. Ronde | 20.03.2009 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 0:0 | |
|||
| 9. Ronde | 22.03.2009 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 10. Ronde | 05.04.2009 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:1 | |
|||
| 12. Ronde | 19.04.2009 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 2:1 | |
|||
| 11. Ronde | 24.04.2009 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 3:2 | |
|||
| 14. Ronde | 30.04.2009 | Atlético Junior | - | La Equidad | 1:1 | |
|||
| 15. Ronde | 03.05.2009 | América de Cali | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| 16. Ronde | 10.05.2009 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 4:0 | |
|||
| 17. Ronde | 14.05.2009 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 4:1 | ||||
| 18. Ronde | 17.05.2009 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:0 | |
Colombia