| 2. Ronde | 09.03.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
| 5. Ronde | 02.04.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 3:1 |  |
|||
| 7. Ronde | 17.04.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | |
|||
| 8. Ronde | 21.04.2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 2:3 | ||||
| 9. Ronde | 27.04.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 1:2 | |
|||
| 23. Ronde | 24.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 2:1 | |
|||
| 25. Ronde | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 | ||||
| 26. Ronde | 21.09.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
| 28. Ronde | 16.10.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |
Litouwen