| 2. Ronde | 30.08.1998 | AEK Athene | - | Apollon Smyrnis | 3:1 |  |
|||
| 3. Ronde | 13.09.1998 | Panionios GSS | - | Apollon Smyrnis | 4:2 | ||||
| 4. Ronde | 20.09.1998 | Apollon Smyrnis | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 1:1 |  |
|||
| 5. Ronde | 27.09.1998 | Veria FC | - | Apollon Smyrnis | 1:1 | ||||
| 6. Ronde | 04.10.1998 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 1:0 |  |
|||
| 11. Ronde | 29.11.1998 | Ionikos Nikea | - | Apollon Smyrnis | 3:0 | ||||
| 14. Ronde | 20.12.1998 | Panathinaikos | - | Apollon Smyrnis | 5:0 | ||||
| 20. Ronde | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 22. Ronde | 06.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 27. Ronde | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 28. Ronde | 02.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 29. Ronde | 09.05.1999 | Aris Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 30. Ronde | 12.05.1999 | AO Kavala | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 31. Ronde | 16.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 33. Ronde | 23.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Iraklis Saloniki | 1:3 | ||||
| 34. Ronde | 30.05.1999 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 1:0 |
Griekenland