| 14. Ronde | 26.09.2016 | Baltika Kaliningrad | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 15. Ronde | 02.10.2016 | FK Khimki | - | Zenit St. Petersburg 2 | 2:1 |  |
|||
| 16. Ronde | 08.10.2016 | Volgar Astrakhan | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 13. Ronde | 12.10.2016 | FK Khimki | - | Dinamo Moskou | 0:0 | ||||
| 17. Ronde | 15.10.2016 | FK Khimki | - | Spartak Nalchik | 2:0 | |
|||
| 18. Ronde | 22.10.2016 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 19. Ronde | 30.10.2016 | FK Khimki | - | Spartak Moskou 2 | 1:0 | |
 |
||
| 22. Ronde | 13.11.2016 | FK Khimki | - | FK Neftekhimik | 3:2 | ||||
| 23. Ronde | 19.11.2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 24. Ronde | 26.11.2016 | FK Khimki | - | Mordovia Saransk | 4:3 | |
Polen