| 30. Ronde | 01.04.2006 | 1. FC Köln II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
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| 31. Ronde | 08.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Ronde | 19.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:0 | |
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| 33. Ronde | 23.04.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 34. Ronde | 29.04.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 35. Ronde | 06.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Emden | 2:0 | |
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| 36. Ronde | 13.05.2006 | VfB Lübeck | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 37. Ronde | 20.05.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Fortuna Düsseldorf | 2:3 |  |
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| 38. Ronde | 27.05.2006 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 |
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