| 3. Ronde | 18.03.2017 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 2:0 |  |
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| 4. Ronde | 01.04.2017 | FC Flora | - | JK Tammeka | 4:0 | ||||
| 5. Ronde | 08.04.2017 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 2:0 | ||||
| 7. Ronde | 21.04.2017 | FC Infonet | - | FC Flora | 0:1 | ||||
| 8. Ronde | 25.04.2017 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 4:2 | |
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| 9. Ronde | 28.04.2017 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 0:2 | ||||
| 10. Ronde | 05.05.2017 | FC Flora | - | Tulevik Viljandi | 7:0 | |
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| 12. Ronde | 19.05.2017 | FC Flora | - | FC Infonet | 3:0 | ||||
| 13. Ronde | 23.05.2017 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 1:3 | ||||
| 14. Ronde | 29.05.2017 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 3:2 | ||||
| 16. Ronde | 16.06.2017 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:10 |  |
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| 17. Ronde | 19.06.2017 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 |
Estland