| 1. Ronde | 30.07.2006 | NK Pula 1856 | - | NK Varteks | 1:1 | ||||
| 2. Ronde | 05.08.2006 | NK Varteks | - | NK Međimurje | 3:1 |  |
|||
| 5. Ronde | 26.08.2006 | NK Zagreb | - | NK Varteks | 3:0 | ||||
| 6. Ronde | 10.09.2006 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 8. Ronde | 23.09.2006 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 3:2 |  |
|||
| 11. Ronde | 21.10.2006 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 12. Ronde | 28.10.2006 | NK Varteks | - | NK Pula 1856 | 0:0 | ||||
| 14. Ronde | 08.11.2006 | NK Varteks | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 19. Ronde | 17.02.2007 | NK Varteks | - | Slaven Belupo | 0:0 | ||||
| 20. Ronde | 24.02.2007 | NK Osijek | - | NK Varteks | 4:1 | ||||
| 21. Ronde | 03.03.2007 | NK Varteks | - | Dinamo Zagreb | 1:3 | ||||
| 23. Ronde | 17.03.2007 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 2:0 | ||||
| 26. Ronde | 14.04.2007 | NK Osijek | - | NK Varteks | 1:0 | ||||
| 27. Ronde | 18.04.2007 | NK Varteks | - | NK Pula 1856 | 2:2 | ||||
| 28. Ronde | 21.04.2007 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:0 | ||||
| 29. Ronde | 28.04.2007 | NK Varteks | - | Kamen Ingrad | 3:2 | ||||
| 31. Ronde | 05.05.2007 | NK Varteks | - | Slaven Belupo | 4:3 |  |
|||
| 32. Ronde | 12.05.2007 | HNK Šibenik | - | NK Varteks | 3:4 | |
|||
| 33. Ronde | 19.05.2007 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:1 |
Kroatië