| 2. Ronde | 10.08.2008 | Sigma Olomouc | - | Viktoria Plzeň | 2:1 | ||||
| 9. Ronde | 04.10.2008 | Tescoma Zlín | - | Viktoria Plzeň | 2:0 | ||||
| 10. Ronde | 19.10.2008 | Viktoria Plzeň | - | Sparta Praag | 1:1 | ||||
| 14. Ronde | 15.11.2008 | Viktoria Plzeň | - | FK Mladá Boleslav | 2:0 | ||||
| 15. Ronde | 23.11.2008 | SK Kladno | - | Viktoria Plzeň | 1:0 | ||||
| 16. Ronde | 29.11.2008 | Viktoria Plzeň | - | Sigma Olomouc | 4:0 | ||||
| 17. Ronde | 23.02.2009 | Slavia Praag | - | Viktoria Plzeň | 3:2 | ||||
| 18. Ronde | 28.02.2009 | Viktoria Plzeň | - | Slovan Liberec | 0:2 | ||||
| 19. Ronde | 08.03.2009 | FK Teplice | - | Viktoria Plzeň | 3:0 | ||||
| 21. Ronde | 22.03.2009 | Dynamo České Budějovice | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | ||||
| 22. Ronde | 04.04.2009 | Baník Ostrava | - | Viktoria Plzeň | 1:4 | ||||
| 24. Ronde | 18.04.2009 | Sparta Praag | - | Viktoria Plzeň | 2:0 | ||||
| 25. Ronde | 25.04.2009 | Viktoria Plzeň | - | Bohemians Praha | 3:1 | ||||
| 26. Ronde | 03.05.2009 | FK Baumit Jablonec | - | Viktoria Plzeň | 3:0 | ||||
| 27. Ronde | 09.05.2009 | Viktoria Plzeň | - | 1. FC Brno | 3:2 | ||||
| 28. Ronde | 17.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 1:1 |  |
|||
| 29. Ronde | 23.05.2009 | Viktoria Plzeň | - | SK Kladno | 1:0 |
Tsjechië