| 25. Ronde | 09.02.2013 | Villarreal CF | - | SD Ponferradina | 3:0 |  |
|||
| 26. Ronde | 17.02.2013 | Hércules CF | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 27. Ronde | 24.02.2013 | Villarreal CF | - | UD Las Palmas | 1:1 | |
|||
| 28. Ronde | 03.03.2013 | Córdoba CF | - | Villarreal CF | 0:2 | ||||
| 29. Ronde | 10.03.2013 | Villarreal CF | - | Sporting Gijón | 2:1 | ||||
| 30. Ronde | 16.03.2013 | SD Huesca | - | Villarreal CF | 0:1 | ||||
| 31. Ronde | 24.03.2013 | Villarreal CF | - | Recreativo Huelva | 1:1 | ||||
| 32. Ronde | 31.03.2013 | CD Mirandés | - | Villarreal CF | 1:5 | |
|||
| 33. Ronde | 07.04.2013 | Villarreal CF | - | CD Numancia | 6:1 | |
 |
||
| 34. Ronde | 14.04.2013 | Real Murcia | - | Villarreal CF | 1:1 | ||||
| 35. Ronde | 21.04.2013 | Villarreal CF | - | Racing Santander | 1:0 | ||||
| 36. Ronde | 27.04.2013 | CD Lugo | - | Villarreal CF | 0:0 | ||||
| 37. Ronde | 05.05.2013 | Villarreal CF | - | Elche CF | 2:3 | |
|||
| 38. Ronde | 12.05.2013 | AD Alcorcón | - | Villarreal CF | 1:3 | ||||
| 39. Ronde | 18.05.2013 | Villarreal CF | - | Girona FC | 4:1 | |
|||
| 40. Ronde | 27.05.2013 | Villarreal CF | - | Xerez CD | 3:2 | ||||
| 41. Ronde | 02.06.2013 | FC Barcelona B | - | Villarreal CF | 0:3 | |
|||
| 42. Ronde | 08.06.2013 | Villarreal CF | - | UD Almería | 1:0 | |
Frankrijk