| 1e Ronde | 10.08.2016 | Deportivo Lara | - | Atlético Junior | 1:3 | ||||
| 1e Ronde | 17.08.2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Lara | 2:1 | ||||
| 2e Ronde | 24.08.2016 | Blooming | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 2e Ronde | 15.09.2016 | Atlético Junior | - | Blooming | 1:1 |  |
|||
| Achtste finale | 22.09.2016 | Montevideo Wanderers | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| Achtste finale | 29.09.2016 | Atlético Junior | - | Montevideo Wanderers | 4:3 d.p. | ||||
| Kwartfinale | 27.10.2016 | Chapecoense | - | Atlético Junior | 3:0 |
Colombia