| 1. Ronde | 03.08.2003 | 1. FSV Mainz 05 | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 | ||||
| 2. Ronde | 10.08.2003 | 1. FC Union Berlin | - | Energie Cottbus | 0:1 |  |
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| 3. Ronde | 15.08.2003 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Union Berlin | 2:1 |  |
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| 4. Ronde | 24.08.2003 | 1. FC Union Berlin | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:0 | ||||
| 5. Ronde | 12.09.2003 | MSV Duisburg | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 | ||||
| 6. Ronde | 19.09.2003 | 1. FC Union Berlin | - | VfB Lübeck | 1:2 | |
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| 7. Ronde | 26.09.2003 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 | |
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| 8. Ronde | 05.10.2003 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 9. Ronde | 17.10.2003 | Eintracht Trier | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 | ||||
| 10. Ronde | 26.10.2003 | 1. FC Union Berlin | - | Arminia Bielefeld | 1:0 | ||||
| 13. Ronde | 21.11.2003 | 1. FC Union Berlin | - | VfL Osnabrück | 2:0 |
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