| 4. Ronde | 18.07.2016 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:1 | ||||
| 6. Ronde | 31.07.2016 | Atlético Junior | - | Alianza Petrolera | 2:0 | ||||
| 8. Ronde | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 |  |
|||
| 9. Ronde | 21.08.2016 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:1 |  |
|||
| 10. Ronde | 29.08.2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 7. Ronde | 04.09.2016 | Jaguares de Córdoba | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 1. Ronde | 08.09.2016 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 3:1 | ||||
| 11. Ronde | 11.09.2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | ||||
| 14. Ronde | 26.09.2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 3. Ronde | 08.10.2016 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 3:2 | ||||
| 16. Ronde | 16.10.2016 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| 17. Ronde | 23.10.2016 | Deportivo Cali | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 18. Ronde | 30.10.2016 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 2:1 | ||||
| 15. Ronde | 04.11.2016 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 19. Ronde | 06.11.2016 | Cortuluá | - | Atlético Junior | 1:2 | ||||
| 12. Ronde | 10.11.2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 |
Colombia