| 1. Ronde | 27.07.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Šibenik | 2:3 |  |
|||
| 2. Ronde | 03.08.2008 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 3:1 | ||||
| 3. Ronde | 10.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Rijeka | 2:2 | ||||
| 4. Ronde | 17.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Croatia Sesvete | 3:2 | |
|||
| 5. Ronde | 24.08.2008 | HNK Cibalia | - | NK Inter Zaprešić | 4:3 | ||||
| 6. Ronde | 31.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zadar | 3:1 | |
|||
| 7. Ronde | 14.09.2008 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 10. Ronde | 05.10.2008 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 0:0 | ||||
| 11. Ronde | 19.10.2008 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 2:1 | ||||
| 12. Ronde | 26.10.2008 | HNK Šibenik | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 13. Ronde | 02.11.2008 | NK Inter Zaprešić | - | Dinamo Zagreb | 1:3 | ||||
| 16. Ronde | 23.11.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 1:2 | ||||
| 20. Ronde | 01.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:4 | ||||
| 21. Ronde | 08.03.2009 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 22. Ronde | 15.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:1 | ||||
| 24. Ronde | 05.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Slaven Belupo | 1:0 |  |
|||
| 28. Ronde | 26.04.2009 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 0:0 |
Bosnië-Herzegovina
Kroatië