| 2. Ronde | 09.03.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 1:0 |  |
|||
| 3. Ronde | 16.03.2016 | FK Atlantas | - | Utenis Utena | 1:0 | ||||
| 4. Ronde | 20.03.2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
| 5. Ronde | 02.04.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 3:1 | ||||
| 7. Ronde | 17.04.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | ||||
| 14. Ronde | 09.06.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 2:2 |  |
|||
| 15. Ronde | 15.06.2016 | FK Atlantas | - | FC Stumbras | 2:0 | |
|||
| 16. Ronde | 24.06.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 3:3 | |
|||
| 20. Ronde | 02.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 0:1 | ||||
| 21. Ronde | 10.08.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 3:0 | ||||
| 22. Ronde | 16.08.2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
| 23. Ronde | 24.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 2:1 | ||||
| 24. Ronde | 08.09.2016 | Utenis Utena | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
| 25. Ronde | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 | ||||
| 26. Ronde | 21.09.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:1 | ||||
| 27. Ronde | 01.10.2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:1 | |
|||
| 28. Ronde | 16.10.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |
Litouwen