| 1. Ronde | 16.08.2008 | SV Darmstadt 98 | - | Karlsruher SC II | 1:4 | ||||
| 2. Ronde | 24.08.2008 | Karlsruher SC II | - | SV Wehen Wiesbaden II | 0:1 | ||||
| 3. Ronde | 31.08.2008 | SpVgg Unterhaching II | - | Karlsruher SC II | 2:2 |  |
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| 4. Ronde | 13.09.2008 | Karlsruher SC II | - | Viktoria Aschaffenburg | 1:3 | |
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| 5. Ronde | 21.09.2008 | Karlsruher SC II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:1 |  |
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| 6. Ronde | 27.09.2008 | SC Pfullendorf | - | Karlsruher SC II | 3:2 | |
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| 7. Ronde | 05.10.2008 | Karlsruher SC II | - | SSV Ulm 1846 | 1:1 | ||||
| 8. Ronde | 18.10.2008 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Karlsruher SC II | 2:0 | ||||
| 9. Ronde | 25.10.2008 | Karlsruher SC II | - | TSV 1860 München II | 1:3 | |
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| 10. Ronde | 29.10.2008 | Hessen Kassel | - | Karlsruher SC II | 0:1 | ||||
| 11. Ronde | 02.11.2008 | Karlsruher SC II | - | SC Freiburg II | 0:0 | ||||
| 12. Ronde | 08.11.2008 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Karlsruher SC II | 1:2 | ||||
| 13. Ronde | 15.11.2008 | Karlsruher SC II | - | Waldhof Mannheim | 2:1 | |
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| 15. Ronde | 30.11.2008 | Karlsruher SC II | - | SSV Reutlingen | 2:1 | ||||
| 18. Ronde | 20.12.2008 | Karlsruher SC II | - | SV Darmstadt 98 | 0:2 | ||||
| 30. Ronde | 13.05.2009 | Waldhof Mannheim | - | Karlsruher SC II | 3:0 | |
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