| 1. Ronde | 27.07.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Šibenik | 2:3 |  |
|||
| 2. Ronde | 03.08.2008 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 3:1 | ||||
| 3. Ronde | 10.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Rijeka | 2:2 | |
|||
| 4. Ronde | 17.08.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Croatia Sesvete | 3:2 | ||||
| 5. Ronde | 24.08.2008 | HNK Cibalia | - | NK Inter Zaprešić | 4:3 | |
|||
| 8. Ronde | 21.09.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Zagreb | 1:1 | ||||
| 12. Ronde | 26.10.2008 | HNK Šibenik | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | |
|||
| 14. Ronde | 09.11.2008 | HNK Rijeka | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 15. Ronde | 16.11.2008 | NK Croatia Sesvete | - | NK Inter Zaprešić | 1:3 | ||||
| 16. Ronde | 23.11.2008 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 1:2 | ||||
| 17. Ronde | 30.11.2008 | NK Zadar | - | NK Inter Zaprešić | 1:1 | ||||
| 18. Ronde | 07.12.2008 | NK Inter Zaprešić | - | NK Varteks | 2:3 | |
|||
| 19. Ronde | 22.02.2009 | NK Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 20. Ronde | 01.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | Hajduk Split | 0:4 | |
|||
| 22. Ronde | 15.03.2009 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:1 | ||||
| 23. Ronde | 22.03.2009 | HNK Šibenik | - | NK Inter Zaprešić | 4:0 |
Bosnië-Herzegovina