| 1. Ronde | 11.07.2016 | FK Tosno | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 10. Ronde | 28.08.2016 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Khimki | 2:0 | ||||
| 11. Ronde | 02.09.2016 | FK Khimki | - | FK Tyumen | 3:2 |  |
|||
| 23. Ronde | 19.11.2016 | Sibir Novosibirsk | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 26. Ronde | 12.03.2017 | FK Khimki | - | Fakel Voronezh | 0:0 | |
|||
| 28. Ronde | 26.03.2017 | FK Khimki | - | Shinnik Yaroslavl | 3:0 | ||||
| 29. Ronde | 01.04.2017 | FK Tyumen | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 30. Ronde | 08.04.2017 | FK Khimki | - | Enisey Krasnoyarsk | 2:2 | |
|||
| 31. Ronde | 12.04.2017 | Dinamo Moskou | - | FK Khimki | 0:0 | |
|||
| 33. Ronde | 23.04.2017 | Zenit St. Petersburg 2 | - | FK Khimki | 1:3 | ||||
| 34. Ronde | 29.04.2017 | FK Khimki | - | Volgar Astrakhan | 1:1 | ||||
| 35. Ronde | 06.05.2017 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 36. Ronde | 10.05.2017 | FK Khimki | - | Luch-Energiya Vladivostok | 2:2 | ||||
| 37. Ronde | 14.05.2017 | Spartak Moskou 2 | - | FK Khimki | 4:0 |
Georgië