| 1. Ronde | 07.07.1999 | Neuchâtel Xamax FC | - | FC Aarau | 1:1 | ||||
| 2. Ronde | 13.07.1999 | FC Aarau | - | Yverdon Sport FC | 1:1 |  |
|||
| 3. Ronde | 17.07.1999 | Grasshopper Club Zürich | - | FC Aarau | 4:0 | ||||
| 4. Ronde | 21.07.1999 | FC Aarau | - | FC St. Gallen | 1:0 | ||||
| 5. Ronde | 24.07.1999 | SR Delémont | - | FC Aarau | 4:2 | ||||
| 6. Ronde | 01.08.1999 | FC Aarau | - | Servette FC | 3:2 | ||||
| 7. Ronde | 07.08.1999 | FC Luzern | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 8. Ronde | 14.08.1999 | FC Aarau | - | Lausanne Sports | 1:3 | ||||
| 9. Ronde | 21.08.1999 | FC Zürich | - | FC Aarau | 0:1 | ||||
| 10. Ronde | 28.08.1999 | FC Lugano | - | FC Aarau | 4:1 | |
|||
| 11. Ronde | 11.09.1999 | FC Aarau | - | FC Basel 1893 | 1:3 | ||||
| 14. Ronde | 03.10.1999 | FC Aarau | - | Grasshopper Club Zürich | 2:1 | ||||
| 15. Ronde | 16.10.1999 | FC St. Gallen | - | FC Aarau | 4:1 | ||||
| 16. Ronde | 24.10.1999 | FC Aarau | - | SR Delémont | 4:2 | ||||
| 17. Ronde | 30.10.1999 | Servette FC | - | FC Aarau | 1:1 | |
|||
| 18. Ronde | 07.11.1999 | FC Aarau | - | FC Luzern | 1:0 | ||||
| 19. Ronde | 20.11.1999 | Lausanne Sports | - | FC Aarau | 3:1 | ||||
| 20. Ronde | 28.11.1999 | FC Aarau | - | FC Zürich | 1:1 | ||||
| 21. Ronde | 05.12.1999 | FC Aarau | - | FC Lugano | 0:2 | ||||
| 22. Ronde | 12.12.1999 | FC Basel 1893 | - | FC Aarau | 2:1 |  |
Polen