| 4. Ronde | 16.08.2008 | FC Lugano | - | FC Gossau | 4:0 | ||||
| 6. Ronde | 30.08.2008 | FC Stade Nyonnais | - | FC Gossau | 1:3 | ||||
| 7. Ronde | 12.09.2008 | FC Gossau | - | FC Concordia Basel | 0:1 | ||||
| 8. Ronde | 28.09.2008 | FC Gossau | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:1 | ||||
| 12. Ronde | 09.11.2008 | Yverdon Sport FC | - | FC Gossau | 1:1 | ||||
| 14. Ronde | 15.02.2009 | FC Locarno | - | FC Gossau | 3:4 | ||||
| 19. Ronde | 15.03.2009 | FC Winterthur | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 21. Ronde | 03.04.2009 | FC Concordia Basel | - | FC Gossau | 2:1 | ||||
| 22. Ronde | 09.04.2009 | FC La Chaux-de-Fonds | - | FC Gossau | 3:1 |  |
|||
| 23. Ronde | 17.04.2009 | FC Gossau | - | FC Thun | 4:3 |  |
|||
| 24. Ronde | 22.04.2009 | FC Gossau | - | FC Schaffhausen | 1:0 | ||||
| 25. Ronde | 25.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Gossau | 4:1 | |
|||
| 27. Ronde | 09.05.2009 | FC Biel/Bienne | - | FC Gossau | 4:1 | ||||
| 28. Ronde | 16.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Gossau | 2:0 | ||||
| 29. Ronde | 24.05.2009 | FC Gossau | - | FC Locarno | 0:4 |
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