| 4. Ronde | 20.03.2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 0:1 | ||||
| 5. Ronde | 02.04.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 3:1 | ||||
| 6. Ronde | 06.04.2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 2:1 |  |
|||
| 7. Ronde | 17.04.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 2:0 | ||||
| 8. Ronde | 21.04.2016 | FC Stumbras | - | FK Atlantas | 2:3 | ||||
| 9. Ronde | 27.04.2016 | FK Atlantas | - | FK Sūduva | 1:2 | ||||
| 10. Ronde | 05.05.2016 | Utenis Utena | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
| 11. Ronde | 08.05.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 2:0 | ||||
| 12. Ronde | 17.05.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Atlantas | 0:2 | ||||
| 13. Ronde | 21.05.2016 | FK Žalgiris | - | FK Atlantas | 1:0 | ||||
| 14. Ronde | 09.06.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 2:2 | ||||
| 15. Ronde | 15.06.2016 | FK Atlantas | - | FC Stumbras | 2:0 |  |
|||
| 16. Ronde | 24.06.2016 | FK Sūduva | - | FK Atlantas | 3:3 | |
|||
| 17. Ronde | 12.07.2016 | FK Atlantas | - | Utenis Utena | 2:0 | ||||
| 18. Ronde | 19.07.2016 | FK Jonava | - | FK Atlantas | 1:2 | ||||
| 19. Ronde | 27.07.2016 | FK Atlantas | - | Kauno Žalgiris | 1:1 | ||||
| 20. Ronde | 02.08.2016 | FK Atlantas | - | FK Žalgiris | 0:1 | |
|||
| 21. Ronde | 10.08.2016 | FK Trakai | - | FK Atlantas | 3:0 | ||||
| 28. Ronde | 16.10.2016 | FK Atlantas | - | FK Trakai | 0:1 |
Rusland