| 4. Ronde | 15.08.2008 | FC Winterthur | - | FC Thun | 1:3 | ||||
| 5. Ronde | 23.08.2008 | FC Thun | - | FC Schaffhausen | 0:3 | ||||
| 6. Ronde | 29.08.2008 | FC Concordia Basel | - | FC Thun | 1:3 | ||||
| 7. Ronde | 14.09.2008 | FC Thun | - | FC St. Gallen | 4:2 | ||||
| 14. Ronde | 29.11.2008 | Servette FC | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 15. Ronde | 05.12.2008 | FC Thun | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:4 | ||||
| 17. Ronde | 28.02.2009 | FC Lugano | - | FC Thun | 3:1 | ||||
| 18. Ronde | 08.03.2009 | FC Thun | - | FC Winterthur | 2:4 | ||||
| 19. Ronde | 15.03.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 20. Ronde | 23.03.2009 | FC Thun | - | FC Concordia Basel | 1:0 | ||||
| 16. Ronde | 29.03.2009 | FC Thun | - | FC Lausanne-Sport | 2:0 | ||||
| 21. Ronde | 04.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 2:1 | ||||
| 22. Ronde | 09.04.2009 | FC Thun | - | FC Wohlen | 1:2 |  |
|||
| 23. Ronde | 17.04.2009 | FC Gossau | - | FC Thun | 4:3 | |
|||
| 24. Ronde | 22.04.2009 | FC Thun | - | FC Stade Nyonnais | 1:1 | ||||
| 25. Ronde | 26.04.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Thun | 5:1 | ||||
| 26. Ronde | 04.05.2009 | FC Thun | - | FC Biel/Bienne | 2:2 | ||||
| 27. Ronde | 09.05.2009 | FC Locarno | - | FC Thun | 4:1 | ||||
| 28. Ronde | 16.05.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Thun | 2:0 | ||||
| 29. Ronde | 24.05.2009 | FC Thun | - | Servette FC | 3:0 | |
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