| 4. Ronde | 21.08.2016 | Spartak Moskou | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| 5. Ronde | 28.08.2016 | FK Krasnodar | - | Lokomotiv Moskou | 1:2 | ||||
| 6. Ronde | 11.09.2016 | FK Ufa | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 9. Ronde | 02.10.2016 | FK Krasnodar | - | Rubin Kazan | 1:0 | ||||
| 10. Ronde | 16.10.2016 | Arsenal Tula | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 11. Ronde | 23.10.2016 | FK Krasnodar | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 12. Ronde | 30.10.2016 | Anzhi Makhachkala | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 18. Ronde | 05.03.2017 | FK Krasnodar | - | Spartak Moskou | 2:2 | ||||
| 21. Ronde | 03.04.2017 | FK Rostov | - | FK Krasnodar | 0:0 | ||||
| 24. Ronde | 23.04.2017 | FK Krasnodar | - | Arsenal Tula | 2:0 | ||||
| 25. Ronde | 27.04.2017 | FK Amkar Perm | - | FK Krasnodar | 0:2 | ||||
| 26. Ronde | 01.05.2017 | FK Krasnodar | - | Anzhi Makhachkala | 0:0 | ||||
| 27. Ronde | 07.05.2017 | FK Orenburg | - | FK Krasnodar | 1:0 | ||||
| 30. Ronde | 21.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Krasnodar | 1:5 |
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