| 1. Ronde | 30.08.2008 | Rayo Vallecano | - | Real Murcia | 1:0 |  |
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| 2. Ronde | 06.09.2008 | Hércules CF | - | Rayo Vallecano | 1:1 | ||||
| 3. Ronde | 13.09.2008 | Rayo Vallecano | - | Deportivo Alavés | 2:1 | |
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| 4. Ronde | 20.09.2008 | Sevilla Atlético | - | Rayo Vallecano | 0:0 | ||||
| 5. Ronde | 28.09.2008 | Rayo Vallecano | - | Xerez CD | 3:3 | ||||
| 6. Ronde | 04.10.2008 | Girona FC | - | Rayo Vallecano | 1:1 | ||||
| 7. Ronde | 12.10.2008 | Rayo Vallecano | - | CD Castellón | 4:2 | ||||
| 8. Ronde | 19.10.2008 | Gimnàstic de Tarragona | - | Rayo Vallecano | 3:1 | ||||
| 9. Ronde | 25.10.2008 | Rayo Vallecano | - | SD Eibar | 4:1 | ||||
| 10. Ronde | 02.11.2008 | CD Tenerife | - | Rayo Vallecano | 2:0 | ||||
| 11. Ronde | 08.11.2008 | Rayo Vallecano | - | SD Huesca | 1:0 | ||||
| 12. Ronde | 16.11.2008 | Celta de Vigo | - | Rayo Vallecano | 0:0 | ||||
| 13. Ronde | 23.11.2008 | Rayo Vallecano | - | Alicante CF | 0:0 | ||||
| 14. Ronde | 29.11.2008 | Albacete | - | Rayo Vallecano | 2:1 | |
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| 20. Ronde | 17.01.2009 | Rayo Vallecano | - | UD Las Palmas | 1:1 | ||||
| 40. Ronde | 06.06.2009 | Rayo Vallecano | - | Real Sociedad | 4:1 |  |
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| 41. Ronde | 13.06.2009 | UD Las Palmas | - | Rayo Vallecano | 0:0 | ||||
| 42. Ronde | 20.06.2009 | Rayo Vallecano | - | Real Zaragoza | 2:2 |
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