| 21. Ronde | 08.01.2000 | Villarreal CF | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 22. Ronde | 16.01.2000 | Levante UD | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 23. Ronde | 23.01.2000 | CD Logroñés | - | CD Tenerife | 0:0 | ||||
| 24. Ronde | 30.01.2000 | Sporting Gijón | - | CD Logroñés | 1:4 |  |
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| 26. Ronde | 13.02.2000 | CD Toledo | - | CD Logroñés | 2:1 | ||||
| 28. Ronde | 27.02.2000 | Atlético Madrid B | - | CD Logroñés | 0:1 | ||||
| 29. Ronde | 05.03.2000 | CD Logroñés | - | CD Leganés | 0:1 | |
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| 30. Ronde | 11.03.2000 | CA Osasuna | - | CD Logroñés | 2:0 | ||||
| 31. Ronde | 19.03.2000 | CD Logroñés | - | SD Compostela | 3:1 | |
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| 32. Ronde | 25.03.2000 | Córdoba CF | - | CD Logroñés | 1:0 | ||||
| 33. Ronde | 01.04.2000 | CD Logroñés | - | UD Las Palmas | 1:1 | ||||
| 34. Ronde | 08.04.2000 | CD Logroñés | - | CF Extremadura | 1:1 | ||||
| 35. Ronde | 15.04.2000 | UE Lleida | - | CD Logroñés | 1:0 | |
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| 36. Ronde | 23.04.2000 | CD Logroñés | - | UD Salamanca | 0:0 |  |
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| 39. Ronde | 14.05.2000 | Getafe CF | - | CD Logroñés | 2:2 | |
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| 40. Ronde | 21.05.2000 | CD Logroñés | - | SD Eibar | 0:1 | |
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| 42. Ronde | 04.06.2000 | CD Logroñés | - | Villarreal CF | 1:0 |
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