| 5. Ronde | 27.09.2008 | UD Las Palmas | - | Hércules CF | 1:1 | ||||
| 9. Ronde | 26.10.2008 | Hércules CF | - | Deportivo Alavés | 3:0 | ||||
| 12. Ronde | 16.11.2008 | Girona FC | - | Hércules CF | 1:0 |  |
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| 13. Ronde | 22.11.2008 | Hércules CF | - | CD Castellón | 0:0 | |
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| 17. Ronde | 20.12.2008 | Hércules CF | - | SD Huesca | 3:2 |  |
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| 19. Ronde | 10.01.2009 | Hércules CF | - | Alicante CF | 1:2 | ||||
| 23. Ronde | 07.02.2009 | Rayo Vallecano | - | Hércules CF | 1:0 | ||||
| 24. Ronde | 14.02.2009 | Hércules CF | - | Levante UD | 4:2 | ||||
| 25. Ronde | 22.02.2009 | Real Sociedad | - | Hércules CF | 1:2 | ||||
| 26. Ronde | 28.02.2009 | Hércules CF | - | UD Las Palmas | 4:2 | ||||
| 27. Ronde | 08.03.2009 | Real Zaragoza | - | Hércules CF | 2:2 | ||||
| 28. Ronde | 15.03.2009 | Hércules CF | - | Real Murcia | 3:2 |  |
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| 30. Ronde | 29.03.2009 | Deportivo Alavés | - | Hércules CF | 1:3 | ||||
| 36. Ronde | 09.05.2009 | SD Eibar | - | Hércules CF | 0:1 | |
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