| 1. Ronde | 19.08.2012 | AD Alcorcón | - | CD Guadalajara | 1:1 | ||||
| 2. Ronde | 25.08.2012 | CD Guadalajara | - | Girona FC | 1:5 | ||||
| 3. Ronde | 01.09.2012 | Villarreal CF | - | CD Guadalajara | 2:1 |  |
 |
||
| 4. Ronde | 08.09.2012 | CD Guadalajara | - | FC Barcelona B | 0:1 | ||||
| 5. Ronde | 15.09.2012 | UD Almería | - | CD Guadalajara | 4:0 | ||||
| 22. Ronde | 19.01.2013 | CD Guadalajara | - | AD Alcorcón | 3:0 | ||||
| 23. Ronde | 26.01.2013 | Girona FC | - | CD Guadalajara | 2:0 | ||||
| 25. Ronde | 09.02.2013 | FC Barcelona B | - | CD Guadalajara | 0:1 | |
|||
| 27. Ronde | 24.02.2013 | Real Madrid Castilla | - | CD Guadalajara | 2:1 | |
|||
| 28. Ronde | 03.03.2013 | CD Guadalajara | - | CE Sabadell | 1:1 | ||||
| 29. Ronde | 09.03.2013 | Xerez CD | - | CD Guadalajara | 0:1 | |
|||
| 30. Ronde | 17.03.2013 | SD Ponferradina | - | CD Guadalajara | 2:2 | |
|||
| 31. Ronde | 24.03.2013 | CD Guadalajara | - | Hércules CF | 0:2 | ||||
| 33. Ronde | 07.04.2013 | CD Guadalajara | - | Córdoba CF | 3:1 | ||||
| 34. Ronde | 13.04.2013 | Sporting Gijón | - | CD Guadalajara | 3:0 | ||||
| 35. Ronde | 20.04.2013 | CD Guadalajara | - | SD Huesca | 1:0 | ||||
| 36. Ronde | 28.04.2013 | Recreativo Huelva | - | CD Guadalajara | 1:0 | |
|||
| 41. Ronde | 02.06.2013 | CD Guadalajara | - | CD Lugo | 0:1 |
Spanje