| 19. Ronde | 19.12.1999 | CD Toledo | - | CP Mérida | 3:0 |  |
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| 20. Ronde | 04.01.2000 | CF Extremadura | - | CP Mérida | 0:0 | ||||
| 21. Ronde | 09.01.2000 | CP Mérida | - | Atlético Madrid B | 0:1 | |
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| 22. Ronde | 16.01.2000 | CP Mérida | - | CD Leganés | 0:4 | ||||
| 23. Ronde | 23.01.2000 | CA Osasuna | - | CP Mérida | 0:0 | ||||
| 24. Ronde | 29.01.2000 | CP Mérida | - | SD Compostela | 0:1 | ||||
| 25. Ronde | 06.02.2000 | Córdoba CF | - | CP Mérida | 3:0 | ||||
| 26. Ronde | 13.02.2000 | CP Mérida | - | UD Las Palmas | 3:0 |  |
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| 27. Ronde | 20.02.2000 | CD Logroñés | - | CP Mérida | 1:2 | ||||
| 28. Ronde | 27.02.2000 | CP Mérida | - | UE Lleida | 0:0 | ||||
| 29. Ronde | 05.03.2000 | UD Salamanca | - | CP Mérida | 0:0 | ||||
| 30. Ronde | 11.03.2000 | CP Mérida | - | Albacete | 1:1 | ||||
| 31. Ronde | 19.03.2000 | CD Badajoz | - | CP Mérida | 0:3 | ||||
| 32. Ronde | 26.03.2000 | CP Mérida | - | Getafe CF | 1:0 | ||||
| 33. Ronde | 02.04.2000 | SD Eibar | - | CP Mérida | 0:0 | |
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| 35. Ronde | 16.04.2000 | Villarreal CF | - | CP Mérida | 1:0 | ||||
| 37. Ronde | 30.04.2000 | CD Tenerife | - | CP Mérida | 0:1 | ||||
| 38. Ronde | 07.05.2000 | CP Mérida | - | Sporting Gijón | 1:0 | ||||
| 39. Ronde | 14.05.2000 | Recreativo Huelva | - | CP Mérida | 0:3 |
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