| 1. Ronde | 21.08.2016 | UD SS Reyes | - | SD Gernika | 2:1 |  |
|||
| 2. Ronde | 27.08.2016 | SD Gernika | - | CDA Navalcarnero | 4:1 | ||||
| 3. Ronde | 04.09.2016 | CD Mensajero | - | SD Gernika | 3:2 | ||||
| 4. Ronde | 10.09.2016 | SD Gernika | - | Real Madrid Castilla | 0:0 | ||||
| 5. Ronde | 17.09.2016 | Real Sociedad B | - | SD Gernika | 4:0 | |
|||
| 6. Ronde | 25.09.2016 | SD Gernika | - | Real Unión | 2:2 | |
|||
| 7. Ronde | 01.10.2016 | SD Amorebieta | - | SD Gernika | 3:1 | |
|||
| 8. Ronde | 09.10.2016 | SD Gernika | - | Albacete | 2:1 | |
|||
| 10. Ronde | 23.10.2016 | CF Fuenlabrada | - | SD Gernika | 4:2 | ||||
| 15. Ronde | 19.11.2016 | SD Gernika | - | Athletic Club B | 1:0 | ||||
| 20. Ronde | 08.01.2017 | SD Gernika | - | UD SS Reyes | 1:1 | ||||
| 23. Ronde | 28.01.2017 | Real Madrid Castilla | - | SD Gernika | 0:0 | |
|||
| 26. Ronde | 18.02.2017 | SD Gernika | - | SD Amorebieta | 0:0 | ||||
| 30. Ronde | 19.03.2017 | Rayo Majadahonda | - | SD Gernika | 2:0 | |
|||
| 34. Ronde | 13.04.2017 | Athletic Club B | - | SD Gernika | 2:1 | ||||
| 35. Ronde | 23.04.2017 | SD Gernika | - | Barakaldo CF | 2:0 | ||||
| 36. Ronde | 30.04.2017 | Sestao River | - | SD Gernika | 2:1 | ||||
| 37. Ronde | 07.05.2017 | SD Gernika | - | Arenas de Getxo | 2:0 | ||||
| 38. Ronde | 14.05.2017 | UD Logroñés | - | SD Gernika | 5:1 |
Spanje