| 24. Ronde | 30.01.2000 | CD Toledo | - | Córdoba CF | 0:3 | ||||
| 25. Ronde | 06.02.2000 | Córdoba CF | - | CP Mérida | 3:0 | ||||
| 26. Ronde | 13.02.2000 | Atlético Madrid B | - | Córdoba CF | 0:0 | ||||
| 27. Ronde | 20.02.2000 | Córdoba CF | - | CD Leganés | 2:1 | ||||
| 28. Ronde | 27.02.2000 | CA Osasuna | - | Córdoba CF | 0:2 | ||||
| 29. Ronde | 05.03.2000 | Córdoba CF | - | SD Compostela | 1:0 | ||||
| 30. Ronde | 11.03.2000 | Córdoba CF | - | CF Extremadura | 2:1 | ||||
| 31. Ronde | 18.03.2000 | UD Las Palmas | - | Córdoba CF | 1:1 |  |
|||
| 35. Ronde | 16.04.2000 | Albacete | - | Córdoba CF | 1:0 | |
|||
| 36. Ronde | 22.04.2000 | Córdoba CF | - | CD Badajoz | 0:4 | ||||
| 40. Ronde | 20.05.2000 | Córdoba CF | - | Villarreal CF | 2:4 | |
|||
| 41. Ronde | 28.05.2000 | Levante UD | - | Córdoba CF | 3:0 | ||||
| 42. Ronde | 04.06.2000 | Córdoba CF | - | CD Tenerife | 2:1 |
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