| 15. Ronde | 16.01.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Piraeus | 4:0 |  |
|||
| 16. Ronde | 23.01.1999 | Iraklis Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:0 | ||||
| 17. Ronde | 30.01.1999 | Apollon Smyrnis | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 18. Ronde | 08.02.1999 | Olympiakos | - | Apollon Smyrnis | 0:0 |  |
|||
| 19. Ronde | 14.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | AEK Athene | 1:1 | |
|||
| 20. Ronde | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | |
|||
| 21. Ronde | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | ||||
| 22. Ronde | 06.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 24. Ronde | 21.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Paniliakos Pyrgos | 5:0 | ||||
| 25. Ronde | 28.03.1999 | AO Proodeftiki | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 27. Ronde | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | ||||
| 28. Ronde | 02.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | |
 |
||
| 31. Ronde | 16.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 32. Ronde | 20.05.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:3 | ||||
| 34. Ronde | 30.05.1999 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 1:0 |
Oostenrijk