| 1. Ronde | 31.07.1998 | Waldhof Mannheim | - | Wacker Burghausen | 1:1 |  |
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| 2. Ronde | 07.08.1998 | Wacker Burghausen | - | SC Pfullendorf | 2:1 | ||||
| 24. Ronde | 27.03.1999 | Wacker Burghausen | - | FSV Frankfurt | 2:0 | ||||
| 25. Ronde | 01.04.1999 | SC Weismain | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 27. Ronde | 17.04.1999 | SC Neukirchen | - | Wacker Burghausen | 2:2 | |
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| 28. Ronde | 23.04.1999 | Wacker Burghausen | - | TSF Ditzingen | 3:0 | ||||
| 29. Ronde | 30.04.1999 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 30. Ronde | 07.05.1999 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 0:0 | |
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| 31. Ronde | 12.05.1999 | SSV Reutlingen | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 32. Ronde | 15.05.1999 | SV Wehen-Taunusstein | - | Wacker Burghausen | 3:2 | |
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| 33. Ronde | 21.05.1999 | Wacker Burghausen | - | FC Augsburg | 1:0 | ||||
| 34. Ronde | 28.05.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 2:3 | |
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