| 1. Ronde | 15.08.2008 | Holstein Kiel | - | SV Wilhelmshaven | 0:2 | ||||
| 3. Ronde | 29.08.2008 | Hallescher FC | - | SV Wilhelmshaven | 1:1 | ||||
| 5. Ronde | 07.09.2008 | Hertha BSC II | - | SV Wilhelmshaven | 1:3 | ||||
| 9. Ronde | 25.10.2008 | VfB Lübeck | - | SV Wilhelmshaven | 1:3 | ||||
| 13. Ronde | 15.11.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Altona 93 | 4:1 | ||||
| 15. Ronde | 29.11.2008 | SV Wilhelmshaven | - | FC Oberneuland | 1:0 | ||||
| 16. Ronde | 06.12.2008 | Chemnitzer FC | - | SV Wilhelmshaven | 1:1 | ||||
| 17. Ronde | 13.12.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Hannover 96 II | 2:0 | ||||
| 18. Ronde | 20.12.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Holstein Kiel | 0:2 | ||||
| 22. Ronde | 15.03.2009 | SV Wilhelmshaven | - | Hertha BSC II | 0:2 |  |
|||
| 25. Ronde | 04.04.2009 | Sachsen Leipzig | - | SV Wilhelmshaven | 3:1 | ||||
| 26. Ronde | 18.04.2009 | SV Wilhelmshaven | - | VfB Lübeck | 2:1 | ||||
| 24. Ronde | 22.04.2009 | SV Wilhelmshaven | - | VFC Plauen | 2:2 | ||||
| 27. Ronde | 25.04.2009 | Hansa Rostock II | - | SV Wilhelmshaven | 2:5 | ||||
| 32. Ronde | 24.05.2009 | FC Oberneuland | - | SV Wilhelmshaven | 3:2 | ||||
| 33. Ronde | 30.05.2009 | SV Wilhelmshaven | - | Chemnitzer FC | 0:1 | ||||
| 34. Ronde | 07.06.2009 | Hannover 96 II | - | SV Wilhelmshaven | 2:1 |  |
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