| 1. Ronde | 26.07.2008 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 | ||||
| 2. Ronde | 02.08.2008 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 22. Ronde | 14.02.2009 | Fortuna Düsseldorf | - | Wacker Burghausen | 3:1 |  |
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| 24. Ronde | 28.02.2009 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 19. Ronde | 04.03.2009 | VfB Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 25. Ronde | 07.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Wuppertaler SV | 2:0 | ||||
| 21. Ronde | 10.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 0:0 | ||||
| 26. Ronde | 14.03.2009 | SV Sandhausen | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 23. Ronde | 18.03.2009 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 | ||||
| 27. Ronde | 22.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Dynamo Dresden | 0:3 | |
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| 28. Ronde | 28.03.2009 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 29. Ronde | 31.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 | ||||
| 30. Ronde | 04.04.2009 | Erzgebirge Aue | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 31. Ronde | 11.04.2009 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| 37. Ronde | 16.05.2009 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 6:0 | |
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| 38. Ronde | 23.05.2009 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 2:1 |
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