| 2. Ronde | 03.08.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 3. Ronde | 06.08.2005 | Hertha BSC II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 5. Ronde | 20.08.2005 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 8. Ronde | 09.09.2005 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 |  |
|||
| 9. Ronde | 16.09.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | SG Wattenscheid 09 | 1:0 | ||||
| 10. Ronde | 21.09.2005 | Rot-Weiss Essen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 11. Ronde | 24.09.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 12. Ronde | 01.10.2005 | FC St. Pauli | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 13. Ronde | 15.10.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hamburger SV II | 2:1 | ||||
| 14. Ronde | 22.10.2005 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| 15. Ronde | 29.10.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 16. Ronde | 05.11.2005 | Kickers Emden | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 18. Ronde | 19.11.2005 | Fortuna Düsseldorf | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | ||||
| 36. Ronde | 13.05.2006 | VfB Lübeck | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |
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