| 1. Ronde | 26.07.2008 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 | ||||
| 2. Ronde | 02.08.2008 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:0 |  |
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| 11. Ronde | 25.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 0:4 | ||||
| 12. Ronde | 28.10.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 13. Ronde | 31.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:4 | ||||
| 31. Ronde | 11.04.2009 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| 32. Ronde | 18.04.2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wacker Burghausen | 0:3 |  |
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| 34. Ronde | 02.05.2009 | Kickers Emden | - | Wacker Burghausen | 1:1 |  |
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| 35. Ronde | 08.05.2009 | Wacker Burghausen | - | Werder Bremen II | 2:2 | ||||
| 36. Ronde | 13.05.2009 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 3:1 |
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