| 4. Ronde | 13.09.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Hamburger SV II | 0:4 | ||||
| 6. Ronde | 26.09.2008 | SV Wilhelmshaven | - | VfL Wolfsburg II | 2:1 | ||||
| 7. Ronde | 05.10.2008 | VFC Plauen | - | SV Wilhelmshaven | 2:2 | ||||
| 10. Ronde | 29.10.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Hansa Rostock II | 2:0 | ||||
| 11. Ronde | 02.11.2008 | SV Wilhelmshaven | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 20. Ronde | 01.03.2009 | SV Wilhelmshaven | - | Hallescher FC | 0:1 | ||||
| 21. Ronde | 07.03.2009 | Hamburger SV II | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 19. Ronde | 11.03.2009 | SV Babelsberg 03 | - | SV Wilhelmshaven | 4:0 | ||||
| 22. Ronde | 15.03.2009 | SV Wilhelmshaven | - | Hertha BSC II | 0:2 | ||||
| 23. Ronde | 21.03.2009 | VfL Wolfsburg II | - | SV Wilhelmshaven | 5:2 | ||||
| 26. Ronde | 18.04.2009 | SV Wilhelmshaven | - | VfB Lübeck | 2:1 | ||||
| 24. Ronde | 22.04.2009 | SV Wilhelmshaven | - | VFC Plauen | 2:2 | ||||
| 27. Ronde | 25.04.2009 | Hansa Rostock II | - | SV Wilhelmshaven | 2:5 | ||||
| 28. Ronde | 03.05.2009 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wilhelmshaven | 1:0 | ||||
| 29. Ronde | 08.05.2009 | SV Wilhelmshaven | - | Energie Cottbus II | 1:0 |  |
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| 30. Ronde | 13.05.2009 | Altona 93 | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 |  |
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| 34. Ronde | 07.06.2009 | Hannover 96 II | - | SV Wilhelmshaven | 2:1 |
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