| 18. Ronde | 05.02.2000 | VfB Leipzig | - | SV Babelsberg 03 | 2:0 | ||||
| 19. Ronde | 12.02.2000 | SV Babelsberg 03 | - | VFC Plauen | 2:1 |  |
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| 20. Ronde | 19.02.2000 | TeBe Berlin II | - | SV Babelsberg 03 | 0:2 | ||||
| 21. Ronde | 26.02.2000 | SV Babelsberg 03 | - | Lok Altmark Stendal | 2:0 | ||||
| 22. Ronde | 05.03.2000 | 1. FC Magdeburg | - | SV Babelsberg 03 | 1:4 | ||||
| 26. Ronde | 01.04.2000 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | |
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| 23. Ronde | 05.04.2000 | SV Babelsberg 03 | - | Erzgebirge Aue | 2:2 |  |
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| 27. Ronde | 11.04.2000 | SV Babelsberg 03 | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 24. Ronde | 20.04.2000 | FSV Zwickau | - | SV Babelsberg 03 | 2:1 | ||||
| 30. Ronde | 29.04.2000 | VfL Halle 96 | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 |
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