| 5. Ronde | 11.09.2017 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 6. Ronde | 16.09.2017 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 0:4 | ||||
| 11. Ronde | 23.10.2017 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 1:1 |  |
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| 12. Ronde | 27.10.2017 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | ||||
| 15. Ronde | 26.11.2017 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 4:0 | ||||
| 16. Ronde | 01.12.2017 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 5:0 | ||||
| 17. Ronde | 10.12.2017 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:2 | ||||
| 18. Ronde | 18.12.2017 | FC St. Pauli | - | VfL Bochum | 2:1 | |
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| 20. Ronde | 28.01.2018 | FC St. Pauli | - | SV Darmstadt 98 | 0:1 | ||||
| 24. Ronde | 25.02.2018 | FC St. Pauli | - | Holstein Kiel | 3:2 | ||||
| 25. Ronde | 04.03.2018 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 26. Ronde | 10.03.2018 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 0:0 | ||||
| 28. Ronde | 01.04.2018 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 1:1 | ||||
| 30. Ronde | 14.04.2018 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 | ||||
| 31. Ronde | 21.04.2018 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:1 |
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