| 1. Ronde | 26.07.2008 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 | ||||
| 2. Ronde | 02.08.2008 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 3. Ronde | 16.08.2008 | Wacker Burghausen | - | Fortuna Düsseldorf | 0:4 | ||||
| 4. Ronde | 22.08.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Wacker Burghausen | 4:0 | ||||
| 5. Ronde | 30.08.2008 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 5:1 | ||||
| 6. Ronde | 13.09.2008 | Wuppertaler SV | - | Wacker Burghausen | 2:4 |  |
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| 7. Ronde | 20.09.2008 | Wacker Burghausen | - | SV Sandhausen | 2:3 | |
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| 8. Ronde | 27.09.2008 | Dynamo Dresden | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 9. Ronde | 04.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 | ||||
| 10. Ronde | 18.10.2008 | Eintracht Braunschweig | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 11. Ronde | 25.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 0:4 | ||||
| 12. Ronde | 28.10.2008 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 2:2 |
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