| 18. Ronde | 29.01.2017 | FC St. Pauli | - | VfB Stuttgart | 0:1 | ||||
| 19. Ronde | 05.02.2017 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:2 |  |
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| 20. Ronde | 12.02.2017 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:0 | ||||
| 21. Ronde | 19.02.2017 | Arminia Bielefeld | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 22. Ronde | 27.02.2017 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 5:0 | ||||
| 28. Ronde | 07.04.2017 | 1. FC Nürnberg | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 29. Ronde | 16.04.2017 | FC St. Pauli | - | Würzburger Kickers | 1:0 | ||||
| 30. Ronde | 21.04.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 31. Ronde | 28.04.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:0 | ||||
| 33. Ronde | 14.05.2017 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 34. Ronde | 21.05.2017 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 |
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