| 2. Ronde | 23.07.2016 | SV Seligenporten | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 11. Ronde | 16.09.2016 | Bayern München II | - | FC Memmingen | 2:1 | ||||
| 15. Ronde | 15.10.2016 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 18. Ronde | 05.11.2016 | FV Illertissen | - | Bayern München II | 0:1 | ||||
| 20. Ronde | 18.11.2016 | Bayern München II | - | TSV Buchbach | 4:0 | ||||
| 21. Ronde | 27.11.2016 | SpVgg Unterhaching | - | Bayern München II | 2:1 |  |
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| 22. Ronde | 03.03.2017 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 | ||||
| 23. Ronde | 09.03.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 | ||||
| 25. Ronde | 12.03.2017 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 0:2 | |
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| 24. Ronde | 19.03.2017 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 28. Ronde | 13.04.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:2 | ||||
| 29. Ronde | 17.04.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Bayern Hof | 5:0 | ||||
| 31. Ronde | 28.04.2017 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 3:3 | ||||
| 33. Ronde | 12.05.2017 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 34. Ronde | 18.05.2017 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 2:1 |
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