| 1. Ronde | 06.08.2011 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 3:4 | ||||
| 2. Ronde | 12.08.2011 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 | ||||
| 3. Ronde | 20.08.2011 | VfL Bochum II | - | 1. FC Köln II | 0:0 | ||||
| 6. Ronde | 02.09.2011 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 1:0 | ||||
| 9. Ronde | 23.09.2011 | SC Wiedenbrück | - | 1. FC Köln II | 1:2 | ||||
| 11. Ronde | 16.10.2011 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 2:4 | ||||
| 12. Ronde | 22.10.2011 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | ||||
| 13. Ronde | 30.10.2011 | Fortuna Düsseldorf II | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 22. Ronde | 04.02.2012 | 1. FC Köln II | - | VfL Bochum II | 4:0 | ||||
| 24. Ronde | 18.02.2012 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:1 | ||||
| 27. Ronde | 10.03.2012 | Eintracht Trier | - | 1. FC Köln II | 1:3 | ||||
| 28. Ronde | 17.03.2012 | 1. FC Köln II | - | SC Wiedenbrück | 1:0 | ||||
| 23. Ronde | 28.03.2012 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Köln II | 1:2 | ||||
| 34. Ronde | 20.04.2012 | 1. FC Köln II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:0 | ||||
| 36. Ronde | 05.05.2012 | SV 07 Elversberg | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 37. Ronde | 11.05.2012 | 1. FC Köln II | - | TuS Koblenz | 3:1 | ||||
| 38. Ronde | 19.05.2012 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 1:1 |
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