| 1. Ronde | 23.07.2011 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 | ||||
| 3. Ronde | 05.08.2011 | 1. FC Saarbrücken | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 5. Ronde | 16.08.2011 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 6. Ronde | 20.08.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 1:2 | ||||
| 9. Ronde | 14.09.2011 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 14. Ronde | 22.10.2011 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | ||||
| 16. Ronde | 04.11.2011 | SV Darmstadt 98 | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:0 |  |
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| 17. Ronde | 19.11.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Arminia Bielefeld | 4:3 | |
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| 18. Ronde | 26.11.2011 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 19. Ronde | 03.12.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 0:1 | ||||
| 20. Ronde | 10.12.2011 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:2 | ||||
| 21. Ronde | 17.12.2011 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | |
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| 22. Ronde | 21.01.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Saarbrücken | 1:1 |  |
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| 28. Ronde | 03.03.2012 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Oberhausen | 0:0 |
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