| 2. Ronde | 17.08.2009 | FC St. Pauli II | - | Hallescher FC | 1:1 | ||||
| 3. Ronde | 22.08.2009 | Goslarer SC | - | FC St. Pauli II | 3:2 |  |
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| 10. Ronde | 04.10.2009 | ZFC Meuselwitz | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 11. Ronde | 16.10.2009 | FC St. Pauli II | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | |
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| 12. Ronde | 25.10.2009 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 4:0 | ||||
| 13. Ronde | 31.10.2009 | FC St. Pauli II | - | Türkiyemspor Berlin | 2:2 | ||||
| 14. Ronde | 06.11.2009 | Hansa Rostock II | - | FC St. Pauli II | 0:0 | ||||
| 15. Ronde | 22.11.2009 | FC St. Pauli II | - | VFC Plauen | 3:2 | ||||
| 16. Ronde | 27.11.2009 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 17. Ronde | 05.12.2009 | FC St. Pauli II | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 | ||||
| 19. Ronde | 19.12.2009 | Hallescher FC | - | FC St. Pauli II | 1:0 | |
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| 20. Ronde | 14.02.2010 | FC St. Pauli II | - | Goslarer SC | 2:1 | ||||
| 23. Ronde | 14.04.2010 | FC St. Pauli II | - | Chemnitzer FC | 3:1 | ||||
| 29. Ronde | 17.04.2010 | FC St. Pauli II | - | Hamburger SV II | 0:3 | ||||
| 24. Ronde | 21.04.2010 | VfL Wolfsburg II | - | FC St. Pauli II | 3:0 | ||||
| 33. Ronde | 22.05.2010 | FC St. Pauli II | - | SV Wilhelmshaven | 0:3 |
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