| 14. Ronde | 24.10.2009 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:0 |  |
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| 19. Ronde | 05.12.2009 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 20. Ronde | 12.12.2009 | Borussia Dortmund II | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 21. Ronde | 10.02.2010 | Wacker Burghausen | - | Holstein Kiel | 0:3 | ||||
| 31. Ronde | 31.03.2010 | Wuppertaler SV | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 32. Ronde | 03.04.2010 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 3:0 | ||||
| 27. Ronde | 07.04.2010 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 1:1 |  |
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| 33. Ronde | 10.04.2010 | SV Wehen Wiesbaden | - | Wacker Burghausen | 3:1 |  |
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| 34. Ronde | 14.04.2010 | Wacker Burghausen | - | SV Sandhausen | 5:2 | |
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| 36. Ronde | 24.04.2010 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 0:2 | |
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| 28. Ronde | 27.04.2010 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 37. Ronde | 30.04.2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wacker Burghausen | 1:1 |
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