| 2. Ronde | 05.08.2000 | SV Wehen-Taunusstein | - | Wacker Burghausen | 2:1 |  |
|||
| 3. Ronde | 12.08.2000 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 5. Ronde | 26.08.2000 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 München II | 4:2 | ||||
| 8. Ronde | 19.09.2000 | SV Darmstadt 98 | - | Wacker Burghausen | 5:1 | ||||
| 17. Ronde | 18.11.2000 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 18. Ronde | 25.11.2000 | VfR Aalen | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 19. Ronde | 02.12.2000 | Wacker Burghausen | - | SV Wehen-Taunusstein | 1:2 | ||||
| 20. Ronde | 09.12.2000 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 1:2 | |
|||
| 21. Ronde | 24.02.2001 | Wacker Burghausen | - | Sportfreunde Siegen | 0:0 | ||||
| 22. Ronde | 03.03.2001 | TSV 1860 München II | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 23. Ronde | 10.03.2001 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 1:0 | ||||
| 24. Ronde | 17.03.2001 | SV 07 Elversberg | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 26. Ronde | 07.04.2001 | Wacker Burghausen | - | SC Pfullendorf | 1:2 | ||||
| 27. Ronde | 12.04.2001 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 28. Ronde | 21.04.2001 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Trier | 0:1 |
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