| 1. Ronde | 03.08.2003 | Wacker Burghausen | - | Alemannia Aachen | 1:1 | ||||
| 2. Ronde | 10.08.2003 | 1. FC Nürnberg | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 3. Ronde | 17.08.2003 | Wacker Burghausen | - | VfL Osnabrück | 4:1 |  |
|||
| 4. Ronde | 24.08.2003 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 5. Ronde | 12.09.2003 | Wacker Burghausen | - | LR Ahlen | 0:1 | ||||
| 6. Ronde | 21.09.2003 | Karlsruher SC | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 8. Ronde | 05.10.2003 | Wacker Burghausen | - | 1. FSV Mainz 05 | 2:0 | ||||
| 9. Ronde | 19.10.2003 | Energie Cottbus | - | Wacker Burghausen | 2:1 | ||||
| 10. Ronde | 24.10.2003 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 2:0 | ||||
| 11. Ronde | 02.11.2003 | SpVgg Greuther Fürth | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 12. Ronde | 09.11.2003 | Wacker Burghausen | - | MSV Duisburg | 1:2 |
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