| 6. Ronde | 19.08.2006 | 1. FC Bad Kötzting | - | VfL Frohnlach | 1:0 |  |
|||
| 7. Ronde | 25.08.2006 | SC Fürstenfeldbruck | - | 1. FC Bad Kötzting | 2:1 | ||||
| 8. Ronde | 30.08.2006 | 1. FC Bad Kötzting | - | Jahn Regensburg | 3:0 | ||||
| 9. Ronde | 02.09.2006 | Wacker Burghausen II | - | 1. FC Bad Kötzting | 1:3 | ||||
| 10. Ronde | 09.09.2006 | 1. FC Bad Kötzting | - | SpVgg Bayern Hof | 4:3 | ||||
| 11. Ronde | 16.09.2006 | SpVgg Unterhaching II | - | 1. FC Bad Kötzting | 3:0 | ||||
| 12. Ronde | 23.09.2006 | 1. FC Bad Kötzting | - | SpVgg Greuther Fürth II | 0:1 | ||||
| 13. Ronde | 29.09.2006 | SpVgg Weiden | - | 1. FC Bad Kötzting | 3:0 | ||||
| 26. Ronde | 10.03.2007 | 1. FC Bad Kötzting | - | SC Fürstenfeldbruck | 6:1 | ||||
| 27. Ronde | 17.03.2007 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Bad Kötzting | 4:1 | ||||
| 31. Ronde | 14.04.2007 | SpVgg Greuther Fürth II | - | 1. FC Bad Kötzting | 3:1 |
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