| 1. Ronde | 26.07.2008 | Wacker Burghausen | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 |  |
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| 2. Ronde | 02.08.2008 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 3. Ronde | 16.08.2008 | Wacker Burghausen | - | Fortuna Düsseldorf | 0:4 | ||||
| 4. Ronde | 22.08.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Wacker Burghausen | 4:0 |  |
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| 5. Ronde | 30.08.2008 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Unterhaching | 5:1 | |
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| 6. Ronde | 13.09.2008 | Wuppertaler SV | - | Wacker Burghausen | 2:4 | ||||
| 7. Ronde | 20.09.2008 | Wacker Burghausen | - | SV Sandhausen | 2:3 | ||||
| 8. Ronde | 27.09.2008 | Dynamo Dresden | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 9. Ronde | 04.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 0:1 | |
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| 25. Ronde | 07.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Wuppertaler SV | 2:0 | ||||
| 21. Ronde | 10.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 0:0 | ||||
| 26. Ronde | 14.03.2009 | SV Sandhausen | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 23. Ronde | 18.03.2009 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 | ||||
| 27. Ronde | 22.03.2009 | Wacker Burghausen | - | Dynamo Dresden | 0:3 |
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